Glavna načela metodologije korištene u procesu izrade strategije su većim dijelom ekvivalentni onim korištenim u regijama EU i primjenjivi specifičnim uvjetima u BiH. Pored pristupa odozdo-prema gore, koji je korišten u ovom procesu, temeljna načela koja su se primjenjivala u ovom procesu su: partnerstvo, zajedničko vlasništvo i sudjelovanje, održivost, kvaliteta, inovacija, transparentnost.
Proces je vođen u fazama. Na kraju svake faze, pregled rezultata prethodne faze je predstavljen, raspravljen i odobren na regionalnim konferencijama. Faze procesa su:
• Faza I: SEA, SWOT i komparativne prednosti regije
• Faza II: Vizija, strateški ciljevi i prioritetni ciljevi
• Faza III: Mjere i projekti
• Faza IV: Operativni plan
